Las personas intersexuales nacen con caracteres biológicos que no se adaptan al estándar del sistema binario tradicional, que divide a las personas en mujeres u hombres. Las variaciones en los caracteres biológicos pueden darse en los aparatos reproductivos, en la anatomía sexual, en los cromosomas o en los patrones hormonales.
Por ejemplo, alguien puede tener útero y cromosomas XX, que corresponden con los de la mujer, y tener genitales externos que se corresponden con los de un hombre; es decir, tener pene. También puede suceder que alguien presente simultáneamente ovarios y testículos, tenga cromosomas XX, XY o ambos, y genitales externos intermedios.
La intersexualidad no es un problema médico ni una enfermedad. Es parte de la diversidad corporal, y no está relacionada con la orientación sexual o la identidad de género. Una persona intersexual puede sentirse hombre, mujer o ninguno de los dos. Puede sentir atracción emocional, sexual o afectiva hacia personas de un género o más de un género.
Ha sido una práctica estándar la implementación de terapias hormonales y la realización de cirugías irreversibles de asignación de sexo genital a personas intersexuales. Particularmente, estos procedimientos se realizan durante la niñez y la adolescencia, y suelen tener fines estéticos. Sin embargo, en la actualidad, se aboga por poner fin a estas prácticas en personas menores de edad, ya que no pueden dar su consentimiento informado.
En esta línea, en el informe Violencia contra personas lesbianas, gay, bisexuales, trans e intersex en América de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, se enfatiza que «la esterilización forzada e involuntaria de las personas intersex representa una grave violación de derechos humanos».
Este logro por parte de la comunidad intersexual permite a la persona crear su propia identidad sexual libremente y sin algún tipo de imposición.
Un término que se considera ofensivo y en desuso para referirse a las personas intersexuales es hermafrodita.